2020年是第100届天皇杯比赛，然而由于受到疫情影响。原定的88支参赛队被缩减为50支，其中包括各都道府县的47支球队和业余种子球队本田FC，以及J1联赛排名前两名的球队。

根据赛程安排，9月16日进行第一轮比赛（都道府县32支球队参加）；9月23日进行第二轮比赛（首轮胜出的16支球队、剩余的15支都道府县球队和本田FC参加）；10月28日进行第三轮比赛；12月12、13日进行第四轮比赛；12月19、20日进行1/4决赛；12月27日进行半决赛（J1联赛前两名球队参加）；1月1日进行决赛。

其中J1联赛的前两名将直接参加半决赛，半决赛按照计划将在12月27日进行。不过届时联赛是否结束，排名前两名的球队都将获得天皇杯半决赛参赛权。

决赛还将在2021年1月1日进行，如果J联赛球队夺冠。将获得新赛季亚冠资格，如果夺冠的不是J联赛球队，由于不具备参加亚冠的资格，亚冠席位将按照联赛排名转给J联赛球队。